Cession de parts ou vente du fonds : deux façons de céder une pharmacie

Lorsqu'un titulaire décide de transmettre son officine, une question juridique se pose avant même celle du prix : que vend-il exactement ? Selon la manière dont la pharmacie est exploitée, l'opération prend la forme d'une vente du fonds de commerce ou d'une cession de parts de pharmacie, c'est-à-dire des titres de la société qui exploite l'officine. Les deux voies aboutissent au même résultat pratique, un nouveau pharmacien aux commandes, mais elles ne transfèrent pas les mêmes biens, ne font pas peser les mêmes risques sur l'acquéreur et ne suivent ni les mêmes formalités ni la même fiscalité. Voici, point par point, ce qui les distingue.

Deux opérations différentes : ce qui change de mains

Dans une vente du fonds, le vendeur est le propriétaire de l'officine en tant qu'entreprise : le pharmacien lui-même s'il exerce en nom propre, ou la société d'exploitation si c'est elle qui détient le fonds. L'objet de la vente est un ensemble de biens affectés à l'activité. On y retrouve notamment la clientèle, l'enseigne et le nom commercial, le droit au bail, le mobilier, le matériel et l'outillage, ainsi que les « licences ou autorisations administratives : pour les commerces réglementés ». Les stocks sont valorisés à part. L'acquéreur reprend ces éléments dans une structure qui lui appartient : il peut acheter en nom propre ou à travers une société qu'il a lui-même constituée.

Dans une cession de titres, rien ne bouge au niveau de l'officine. La société qui exploite la pharmacie reste propriétaire du fonds, titulaire du bail, employeur des salariés, débitrice de ses emprunts et cocontractante de ses fournisseurs. Ce qui change, c'est la composition de son capital : les associés sortants vendent leurs parts sociales (SELARL, SNC) ou leurs actions (SELAS) à un ou plusieurs repreneurs.

Le choix n'est donc pas toujours ouvert. Une officine exploitée en nom propre ne peut se transmettre que par la vente de son fonds, sauf à être d'abord apportée à une société, ce qui suppose une opération préalable, avec ses propres incidences juridiques et fiscales, que le cabinet accompagne dans le cadre des passages en société d'officines. À l'inverse, lorsque l'officine appartient déjà à une société, les associés peuvent soit céder leurs titres, soit faire vendre le fonds par la société elle-même, qui encaissera alors le prix.

Les règles de cession selon la forme de la société

Quand la vente porte sur des titres, ses conditions dépendent d'abord de la forme sociale, dont les caractéristiques générales sont présentées dans notre article sur la forme juridique à choisir pour une pharmacie. Les formes ouvertes à l'exploitation d'une officine sont fixées par le Code de la santé publique : l'article L5125-11 autorise les pharmaciens à constituer entre eux une société en nom collectif ou une SARL, Société à responsabilité limitée, et les SEL, Sociétés d'exercice libéral de pharmaciens d'officine sont régies par les articles R5125-14 et suivants. Pour la cession, trois cas de figure se rencontrent en pratique.

La SELARL : un agrément renforcé par les règles de la profession

Le droit commun de la SARL soumet la cession de parts à un tiers à l'agrément des associés, et la société dispose de trois mois à compter de la notification du projet pour se prononcer. Pour les officines, le modèle de statuts de SELARL publié par l'Ordre national des pharmaciens, mis à jour en 2026 pour tenir compte de l'ordonnance n° 2023-77 du 8 février 2023 et du décret n° 2025-1216 du 11 décembre 2025, prévoit que les parts « ne peuvent être cédées à des tiers étrangers à la société, qu'à la majorité des trois quarts » des porteurs de parts exerçant la profession au sein de la société.

Ce même modèle rappelle que la qualité du cessionnaire est encadrée : plus de la moitié du capital et des droits de vote doit être détenue par des pharmaciens titulaires de l'officine exploitée, directement ou par l'intermédiaire d'une SPFPL elle-même majoritairement détenue par ces titulaires (article R5125-18-1 du CSP), des adjoints exerçant à titre exclusif dans la SEL pouvant détenir jusqu'à 10 % du capital (article L5125-13). Les parts ne peuvent être cédées qu'à une personne remplissant ces qualités, et la détention par un professionnel libéral de santé autre qu'un pharmacien d'officine est exclue. Une cession de parts de pharmacie en SELARL suppose donc de vérifier, en amont, que le repreneur entre dans les catégories d'associés admises.

La SNC : unanimité et responsabilité illimitée

Dans une société en nom collectif, la règle est plus stricte encore. Il faut l'accord unanime des associés. Et surtout, « chaque associé de la SNC est tenu indéfiniment du passif social, et tous en sont solidaires entre eux ». Le pharmacien qui entre dans une SNC en rachetant des parts accepte donc d'engager son patrimoine personnel pour les dettes de la société, ce qui rend l'analyse du passif encore plus déterminante qu'ailleurs.

La SELAS : une liberté encadrée par les statuts

Dans une société par actions simplifiée, « les actions sont en principe librement cessibles », mais les statuts peuvent soumettre toute cession à un agrément ou à d'autres conditions. La rédaction d'un acte de cession n'est pas obligatoire, même si elle est vivement conseillée, et le transfert est constaté dans le registre des mouvements de titres de la société. Pour une officine, il faut en outre vérifier que la cession respecte les règles professionnelles de détention du capital applicables aux sociétés d'exercice.

Licence, Ordre et Agences régionales de santé : ce que change le mode de cession

La licence d'officine illustre bien la différence entre les deux opérations. Elle est attachée au fonds : l'article L5125-21 du Code de la santé publique prévoit qu'elle « ne peut être cédée par son ou ses titulaires indépendamment du fonds de commerce auquel elle se rapporte ». Lors d'une vente du fonds, la licence suit donc l'officine vers son nouveau propriétaire. Lors d'une cession de titres, elle reste là où elle était, puisque c'est la même société qui continue d'exploiter le même fonds au même emplacement.

Côté Ordre, la vente du fonds s'inscrit dans un circuit bien défini. Parmi les pièces que l'acquéreur adresse au conseil régional de l'Ordre pour son inscription comme titulaire figurent la copie de la licence, la déclaration préalable de début d'exploitation et la copie de l'acte de cession, conclu sous condition suspensive de l'enregistrement par le conseil régional de la déclaration d'exploitation, prévue aujourd'hui à l'article L5125-9 du Code de la santé publique. Le conseil régional de l'Ordre est l'instance où sont déclarées et enregistrées les cessions d'officines.

Pour une cession de titres, l'Ordre intervient à un autre niveau. Le pharmacien qui entre dans la société pour y exercer doit être inscrit au tableau, et la société doit tenir l'Ordre informé de son évolution. Le modèle de statuts de SELARL prévoit que le représentant légal communique au conseil de l'Ordre, « dans le mois suivant la date à laquelle il se produit », tout changement affectant la société, que les statuts, leurs avenants et les conventions relatives au fonctionnement de la société sont transmis dans le mois de leur conclusion, et qu'une fois par an un état de la composition du capital et des droits de vote est adressé avec une version à jour des statuts. Ces obligations s'ajoutent aux formalités de droit des sociétés décrites plus loin.

Le sort du passif, des contrats et des salariés

C'est sans doute la différence la plus lourde de conséquences pour l'acquéreur. Dans une vente du fonds, les dettes d'exploitation et les créances ne sont pas transmises : le vendeur encaisse ce qui lui est dû et règle ce qu'il doit. Les livres comptables ne sont pas cédés, mais doivent rester à la disposition de l'acquéreur pendant trois ans. Certains contrats suivent néanmoins le fonds comme des contrats de bail, de travail et d'assurance qui sont transmis automatiquement. L'acquéreur d'un fonds d'officine reprend donc l'équipe en place et le bail, ce qui justifie un examen attentif de ces deux postes avant la signature.

Dans une cession de titres, la logique est inverse. La société conserve l'intégralité de son patrimoine, actif comme passif : dettes fournisseurs, emprunts en cours, dettes fiscales et sociales, litiges, mais aussi trésorerie, créances et contrats. Le prix des titres tient compte de cette situation, et l'acquéreur se protège contre les dettes apparues après la cession mais nées avant elle par une garantie conventionnelle consentie par le cédant.

L'information préalable des salariés concerne les deux opérations, dans des conditions distinctes. Pour la vente d'un fonds, le Code de commerce impose une information au plus tard un mois avant la conclusion du contrat de vente pour les ventes conclues deux mois au moins après la promulgation de la loi du 26 mai 2026, soit à partir de fin juillet 2026, le délai étant auparavant de deux mois. Pour une cession de titres, l'obligation vise les cessions qui concernent une part majoritaire du capital de la société (plus de 50 %) et le périmètre exact dépend de l'effectif et de l'existence d'un comité social et économique.

Céder tout ou partie : la souplesse propre aux titres

Lorsqu'elle passe par le fonds, la vente d'une pharmacie porte en général sur l'officine entière, qui change de propriétaire en une seule fois. La cession de titres, elle, permet de doser l'opération. Un titulaire peut céder une fraction de son capital à un adjoint de l'équipe, organiser une entrée progressive au capital avant son départ, ou encore remplacer un associé qui se retire sans modifier la situation des autres. Ces montages relèvent de l'association autant que de la transmission, et ils exigent une coordination fine entre les statuts, le pacte d'associés éventuel et le calendrier de chacun.

Cette souplesse a des contreparties. Chaque entrée d'un pharmacien exerçant suppose le respect des règles de détention du capital rappelées plus haut, l'agrément des associés lorsque la loi ou les statuts l'exigent, l'information de l'Ordre et une valorisation des titres acceptée par tous. Lorsque le cédant reste associé minoritaire pendant une période de transition, la gouvernance doit être organisée dès l'origine : répartition des pouvoirs de gérance, sort des comptes courants d'associés, conditions de sortie ultérieure. Dans une SNC, l'associé qui ne cède qu'une partie de ses parts reste soumis à la responsabilité indéfinie et solidaire pour le passif social.

Ces opérations sont au cœur de notre accompagnement en cessions, acquisitions et associations d'officines. Côté fonds, une cession partielle reste possible, par exemple la cession d'une quote-part indivise à un futur cotitulaire, mais elle est moins souple qu'une cession de titres. Une officine cédée par la voie du fonds est vendue avec sa licence, son emplacement et sa clientèle. Pour un pharmacien qui souhaite préparer sa sortie sur plusieurs années, la société d'exercice et la cession graduée de ses titres offrent donc un outil que la vente de pharmacie en une fois ne permet pas.

Formalités : deux parcours distincts

La vente du fonds obéit à un formalisme propre au fonds de commerce. L'acte de cession est obligatoire, sous seing privé ou authentique. Sauf s'il s'agit d'un acte authentique, il doit être enregistré avant sa publication ; il est ensuite publié dans un support d'annonces légales dans la quinzaine de sa date, ainsi qu'au Bulletin officiel des annonces civiles et commerciales. S'ouvre alors une période pendant laquelle les créanciers du vendeur peuvent former opposition au paiement du prix, ce qui conduit en pratique à consigner ce prix chez un séquestre. Ce volet protège les créanciers du cédant et sécurise l'acquéreur, mais il allonge le calendrier de la vente de pharmacie conclue sous cette forme.

La cession de parts emprunte un autre chemin. Après l'agrément éventuel, la cession est constatée par écrit. Le modèle de statuts de SELARL de l'Ordre précise que l'acte peut être authentique ou sous signatures privées, qu'il doit être signifié à la société ou accepté par elle dans un acte notarié, ou déposé au siège social contre attestation, et que la cession n'est opposable aux tiers qu'après publicité au registre du commerce et des sociétés. L'acte doit être enregistré dans le mois de sa date, et la cession déclarée dans le mois sur le guichet unique des formalités d'entreprises, avec, le cas échéant, une mise à jour de la déclaration des bénéficiaires effectifs.

Il n'existe pas, en revanche, de procédure d'opposition des créanciers sur le prix comparable à celle de la vente du fonds, puisque ces créanciers conservent leur débiteur : la société. C'est l'une des raisons pour lesquelles le calendrier d'une cession de parts de pharmacie se distingue de celui d'une vente du fonds, la durée réelle dépendant surtout des conditions suspensives (financement, agrément, inscription à l'Ordre).

Fiscalité de l'acquéreur : un survol

Les droits d'enregistrement ne relèvent pas des mêmes articles du Code général des impôts. La vente du fonds est taxée selon l'article 719 du CGI sur ce barème : « 0 % jusqu'à 23 000 € », « 3 % entre 23 001 € à 200 000 € », « 5 % au-delà de 200 000 € ». Les cessions de parts sociales relèvent quant à elles de l'article 726 du CGI, au taux de 3 % appliqué après un abattement égal au rapport « entre la somme de 23 000 € et le nombre total de parts sociales de la société », multiplié par le nombre de parts cédées. Les cessions d'actions, notamment de SELAS, supportent un droit de 0,1 % du prix. Dans tous les cas, ces droits sont en principe à la charge de l'acquéreur, sauf clause contraire.

Ces taux s'appliquent à des assiettes différentes, ce qui interdit toute comparaison rapide. Dans une vente du fonds, la base est le prix du fonds ; dans une cession de titres, c'est le prix des titres, qui intègre la trésorerie et déduit l'endettement de la société. Le calcul précis, le traitement du stock et la répartition des droits entre les parties méritent une simulation chiffrée au cas par cas.

Au-delà des droits d'enregistrement, la structure de la vente de pharmacie influence le financement. Lorsque l'acquéreur achète un fonds, il peut l'acquérir à travers la structure de son choix et reprend le matériel à sa valeur réelle, avec la possibilité d'amortissements supérieurs à déduire. Lorsqu'il achète des titres, l'acquéreur prend la suite de la société existante et il peut être « obligé, pour des raisons fiscales, de créer une nouvelle société pour acheter la première ». Côté cédant, l'imposition de la plus-value obéit elle aussi à des régimes différents selon que l'on vend un fonds ou des titres. Ces arbitrages relèvent de l'expert-comptable et de l'avocat fiscaliste des parties.

Retenez simplement qu'aucune des deux voies n'est fiscalement meilleure dans l'absolu. Une cession de parts peut paraître moins coûteuse en droits, mais elle transfère un passif qu'il faudra auditer et garantir ; une vente du fonds obéit à un autre barème d'enregistrement mais permet de repartir d'une structure neuve. Le bon choix résulte d'une comparaison globale, intégrant droits, financement, fiscalité du cédant et risques.

Cession de parts de pharmacie ou vente du fonds : les questions à se poser

Avant d'arrêter la forme de la vente de pharmacie, vendeur et acquéreur gagnent à passer en revue quelques questions structurantes, idéalement dès la lettre d'intention :

• Comment l'officine est-elle exploitée aujourd'hui : en nom propre, en SELARL, en SELAS, en SNC ? Les statuts prévoient-ils une clause d'agrément particulière ?
• Le repreneur remplit-il les conditions pour devenir associé exerçant et pour détenir la fraction de capital requise ?
• Quel est l'état du passif de la société : emprunts, dettes fiscales et sociales, litiges en cours ? Un audit a-t-il été mené et une garantie de passif est-elle prévue ?
• Le bail, les contrats de travail et les contrats fournisseurs posent-ils des difficultés qui pèseraient différemment selon la voie retenue ?
• Le cédant souhaite-t-il sortir en une seule fois ou progressivement ? Une cession partielle de titres est-elle envisageable ?
• Quel est le coût comparé des droits d'enregistrement, et quel montage de financement le repreneur envisage-t-il ?
• Quels délais faut-il prévoir pour l'agrément, l'inscription à l'Ordre, l'information des salariés et, en cas de vente du fonds, la publicité et l'opposition des créanciers ?

Les réponses dépendent toujours de la situation concrète. La question est parfois tranchée par un élément très pratique : un passif difficile à garantir pousse vers la vente du fonds, une volonté de transmission progressive vers la cession de parts de pharmacie, une contrainte de financement vers l'un ou l'autre montage.

Ce qu'il faut retenir

Vendre le fonds, c'est transférer l'officine elle-même, avec sa licence, son bail et ses salariés, en laissant le passif au vendeur et en suivant le formalisme protecteur des créanciers propre au fonds de commerce. Céder les titres, c'est laisser l'officine dans sa société et changer ses associés : l'acquéreur hérite, à travers la société, de tout son passé, ce qui impose audit et garantie, mais il bénéficie d'un formalisme différent et de la possibilité de céder tout ou partie du capital.

Entre les deux, le choix engage le droit des sociétés, le droit pharmaceutique, la fiscalité et le financement. Le Cabinet Plumecocq accompagne vendeurs et repreneurs des Hauts-de-France dans cette réflexion, depuis l'estimation de l'officine jusqu'à la signature des actes : n'hésitez pas à nous contacter pour examiner votre projet.